A história da cromatografia líquida se mistura com a história dos carotenoides, pois foi graças ao estudo dos pigmentos de plantas que ela foi inventada. Devido a sua coloração intensa, os carotenoides vem despertando interesse de cientistas a muito tempo. Data de 1831 o primeiro isolamento dessas substâncias a partir de cenouras feito por Heinrich Wilhelm Ferdinand Wackenroder (1798-1854). Derivando do inglês “carrot” (cenoura), Wackenroder batizou as substâncias de carotenos.

Berzelius, em 1837, ao isolar carotenoides de folhas denominou os compostos amarelos obtidos de xantofilas, do grego xanthos para amarelo e phyll para folhas. Em 1902 já havia 800 publicações sobre o assunto. Dentre as descobertas da época, destaca-se a descoberta que um dos dois pigmentos majoritários encontrados em folhas era idêntico a um dos pigmentos da cenoura. Xantofilas foram descobertas em algas e uma xantofila (luteína) foi descoberta na gema do ovo, demonstrando não tratar-se de pigmentos exclusivos de folhas. Em 1938, Strain usou o termo carotenos para os hidrocarbonetos e xantofilas para os carotenos oxigenados. A primeira separação e purificação dos carotenoides é creditada ao botânico russo Mikhail Semenovich Tswett (1906, 1911), que inventou a cromatografia líquida para a separação das substâncias coloridas das folhas. Tswett ainda inseriu a concepção de uma família formada por muitos compostos, os carotenoides (carotenos e xantofilas).

A Figura ao lado é uma reprodução da separação feita por Strain em 1938, semelhante à realizada por Tswett, onde é mostrada a separação dos carotenoides em dois sistemas cromatográficos.

Separações de substâncias coloridas de folhas feitas por Strain em 1938 em colunas de vidro abertas preenchidas com carbonato de cálcio.